Sanger测序仪再添利器||德诺杰亿加速基因测序国产化进展(应用篇)

 

 

近十年,全球基因测序市场飞速发展,由2010年的24亿美元增长至2018年99亿美元,2020年更是达到了150亿美元,年复合增长率超过了20%。据数据统计,2013-2018年中国基因测序市场规模年均增长率在30%以上,位居全球前列,预测未来几年将会延续这样的发展势头,预计2024年将突破410亿元。
 

近日,德诺杰亿发布新款Sanger测序仪U8000,八通道的U8000可同时进行Sanger测序和片段分析,在临床医疗、农业畜牧、食品安全、公安司法等领域具备广泛的应用价值。

 

Sanger测序仪U8000

 

 
 
 
 
 
 

生殖遗传

《儿童遗传病遗传检测临床应用专家共识(2019)》指出,不同的遗传病由于遗传物质的缺陷不同,采用的检测技术可能不同,对于具有典型特征性的临床表型、疾病候选基因单一或致病变异位点已明确的疾病病例,可选择Sanger测序。

 

《中国儿童肥厚型心肌病诊断的专家共识(2019)》指出,肥厚型心肌病(hypertrophic cardiomyopathy,HCM)是儿童及青壮年心脏性猝死(sudden cardiac death,SCD)的最重要原因之一,儿童HCM基因检测的总阳性率可达80%,推荐所有HCM患儿行遗传病因学筛查,检测方法包括Sanger测序、二代测序,全基因组芯片等。筛查项目可以包括编码肌小节蛋白致病基因、HCM相关类型综合征的已知致病基因等,必要时行线粒体基因组、医学外显子或全基因组筛查。

 

《成骨不全症临床诊疗指南(2019)》指出,基因诊断对发现成骨不全症(OI)的病因、做好遗传咨询和优生优育具有积极意义。针对临床表现典型的患者或呈常染色体显性遗传的OI患者, 可采用Sanger测序法直接对 COL1A1 、COL1A2 基因测序,如未检出,可增加拷贝数变异的检测和其它候选基因检测,如IFITM5、WNT1、SERPINF1 和 FKBP10 基因。

 

《儿童X连锁低磷性佝偻病诊治与管理专家共识(2022)》指出,X连锁低磷性佝偻病是由PHEX基因变异所致的骨骼和牙齿矿化障碍性疾病,在儿童期主要表现为生长障碍、骨骼畸形与功能障碍、肌力下降、牙矿化受损等,具有较高的致残率,而早期诊治可避免严重骨骼畸形的发生。PHEX基因位于Xp22.1,含有22个外 显子。世界范围内已报道PHEX基因变异逾720种,其中点突变占 70%以上,主要为错义突变、剪切突变、无义突变和移码突变,可采用Sanger测序或二代测序方法进行检测。

 

《染色体微阵列分析技术在产前诊断中的应用指(2023)》指出,STR分析可验证ROH是否为UPD,以及进一步检测分析出是isoUPD还是heteroUPD。除了可以UPD的辅助诊断外,指南强调所有绒毛样本及羊水样本检测前需要对胎儿进行STR分析以排除母体污染(MCC)。PCR+毛细管电泳法是检测STR的金标准。

 

《中国耳聋基因诊断与遗传咨询临床实践指南(2023)》指出,用于遗传性耳聋基因诊断的主要方法包括基因芯片(gene chip)、Sanger测序、目标耳聋基因靶向捕获测序(即已知耳聋基因二代测序Panel)等。
 

2023年8月17日,国家卫生健康委制定了《出生缺陷防治能力提升计划(2023-2027年)》,指出以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导,深入贯彻落实党的二十大精神,坚持以人民为中心的发展思想,坚持预防为主、防治结合,围绕婚前、孕前、孕期、新生儿和儿童各阶段,聚焦提升出生缺陷防治服务能力,促进出生缺陷防治工作高质量发展,预防和控制严重出生缺陷发生,减少出生缺陷所致婴幼儿死亡及先天残疾,更好满足群众健康孕育的需求。


德诺杰亿生殖健康解决方案详见:

德诺优译基因||Sanger测序仪在生殖遗传领域的应用

 

 
 
 

肿瘤

《中国结直肠癌诊疗规范(2020)》推荐对所有结直肠癌患者进行错配修复或MSI检测。
 

《中国前列腺癌患者基因检测专家共识 (2020)》指出,对于所有转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)患者,可以考虑行MSI和dMMR检测。
 

《子宫内膜癌诊断与治疗指南(2021)》建议对所有条件允许的子宫内膜癌患者行MMR/MSI检测,MSI状态影响分子分型及预后。
 

《中国胰腺癌诊治指南(2021)》强烈推荐胰腺癌患者进行MSI-H/dMMR检测。
 

《结直肠癌分子标志物临床检测中国专家共识(2021)》指出,40%~50%的结直肠癌患者存在KRAS点突变,3.8%的结直肠癌存在NRAS基因点突变,在亚洲结直肠癌患者中BRAF突变率为5.4%~6.7%,RAS和BRAF突变可以使用Sanger测序法进行检测。此外,指南也指出对所有转移性结直肠癌患者以及临床怀疑Lynch综合征的患者,推荐检测MSI状态/错配修复蛋白表达情况,多重荧光PCR+毛细管电泳技术是检测金标准。
 

《软组织和骨肿瘤分子病理学检测专家共识(2022)》推荐以一代测序(Sanger测序)为主要手段检测软组织和骨肿瘤的基因突变,如检测胃肠间质瘤KIT/PDGFRA基因突变、骨巨细胞瘤H3F3A基因突变和梭形细胞/硬化性横纹肌肉瘤MYOD1基因突变等。
 

《原发性肝癌诊疗指南之肝内胆管癌诊疗中国专家共识(2022)》指出,IDH1/2基因突变是胆管癌的热点突变基因,突变集中发生在IDH1的pR132位点和IDH2的pR172位点。因为IDH1/2基因突变相对集中,推荐应用Sanger测序进行检测。
 

德诺杰亿肿瘤解决方案详见:

德诺优译基因||Sanger测序仪在肿瘤领域的应用

 

 
 
 

感染性疾病

《全国艾滋病检测技术规范(2020)》指出,通过测序或基因芯片杂交等方法检测HIV基因组中是否有耐药相关突变,测序方法通常采用Sanger测序法
 

2023年6月,《乙型肝炎病毒标志物临床应用专家共识》指出,HBV耐药突变检测主要使用Sanger测序或NGS技术。Sanger测序适用于明确可识别的特异性表型的疾病诊断,且成本低、覆盖度高,是国内外公认的DNA 测序技术的金标准。

德诺杰亿感染性疾病解决方案详见:

德诺优译基因||Sanger测序仪在感染性疾病领域的应用

 

 
 
 

个性化用药

《单基因遗传性心血管疾病基因诊断指南(2019)》指出,先证者发现致病基因突变,推荐家系直系亲属通过Sanger测序进行同一基因突变检测。高通量测序NGS可能出现假阳性或假阴性结果、特定突变类型无法检测以及目标区域漏检等问题,应该采用Sanger测序对NGS结果进行补充及验证。
 

《个体化用药遗传咨询指南(2022)》指出,常用的药物反应相关基因检测技术包括一代测序(Sanger测序)、荧光定量 PCR、荧光原位杂交等,实施个体化用药可有效提高药物治疗的安全性、有效性和经济性。
 

《SLCO1B1和ApoE基因多态性检测与他汀类药物临床应用专家共识(2023)》指出,SLCO1B1和ApoE基因多态性可通过Sanger测序等不同方法进行检测。用药前检测SLCO1B1及ApoE基因多态性,将有助于实现他汀类药物的精准用药,提高调脂疗效,减少或避免药物不良反应的发生。

德诺杰亿个性化用药解决方案详见:

德诺优译基因||Sanger测序仪在个体化用药领域的应用

 

 
 
 

推动测序应用合作,加速测序应用拓展

基于Sanger测序平台取得的突破性成果,德诺杰亿也正勠力推动应用性的拓展范围,加速生物制药、农业畜牧、食品安全、公安司法等领域的应用。

测/序/应/用

 
 

德诺优译基因||Sanger测序仪在生物制药领域的应用

 

德诺优译基因||全自动毛细管电泳仪在公安司法领域的应用

 

德诺优译基因||Sanger测序仪在农作物领域的应用

 

德诺优译基因||Sanger测序仪在动物疫病诊断领域的应用

 

德诺优译基因||Sanger测序仪在食品安全领域的应用

 

德诺优译基因||Sanger测序仪在细胞系鉴定领域的应用

 

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